多くの出版社は文庫部門を持っていて自社から単行本で出したものや中には他社から出たもの、あるいは文庫書き下ろし(最近では佐伯泰英が有名ですが東野圭吾もやったりしています)でたくさんの作品が売られています。
どういうことでそうなっているかわかりませんが、買ってきたものや読み終わったものを本棚に並べた時に気になるのが文庫本といえども各社で高さの違いがあって揃わないので、見た目(精神衛生的なもの)やその上に並べようとすると不都合を生じます。
写真集など美術系のものは各社揃える気が更々ないのか、判型がまちまちなので余程のものでないと買わないのですが、文庫本は一番手軽なもので必然的に数が増えていくものだから出版各社(名指しすると早川書房や幻冬社)は規格の統一をして中身だけで勝負して欲しいです。
単行本(いわゆる四六判)はこういったことがないのに文庫本だけこういう現象が起こっているのは何らかの意図があると想像しますが、ユーザーにとって迷惑だと思います。
書店だって棚の高さが変わると陳列できる点数が違ってくるので消費者の方を向いていないと思うのですが。